Создатели фильма отметили, что в процессе работы над проектом их источниками вдохновения для экшн-сцен были такие фильмы, как «Кулак легенды» (1994) и «Рейд» (2011).
На роль Сплинтера был взят актер Дэнни Вудберн, чей рост составляет 122 сантиметра, что соответствует оригинальным комиксам. Вудберн очень расстроился, когда узнал, что он будет только исполнять движения Сплинтера, которые затем будут перенесены в фильм при помощи технологии захвата движения. Голосом же Сплинтера стал Тони Шэлуб.
Кастинг на роли в клан «Фут» был проведен, когда празднование 25-летия «Черепашек-ниндзя» проходило в Лос-Анджелесе. Роли достались обычным людям с улицы.
Бретт Рэтнер рассматривался на должность режиссера проекта.
Джейн Леви, Анна Кендрик и Элизабет Олсен проходили прослушивание на роль Эйприл О`Нил.
Фильм вышел к 30-летию франшизы «Черепашки-ниндзя».
Изначально название фильма было Ninja Turtles. Teenage Mutant добавили, чтобы порадовать фанатов, когда они стали негативно отзываться о первоначальной версии названия.
Эйприл О’Нилл носит желтую куртку в фильме. Это отсылка к оригинальному сериалу «Черепашки-мутанты ниндзя» (1987-1996), где у Эйприл был желтый комбинезон.
Во время съемок, чтобы скрыть настоящее название, фильму присвоили рабочее название Foursquare («Квадрат»).
Изначально создатели хотели, чтобы у Микеланджело на шее была золотая цепь, но эту идею раскритиковали как стереотипную отсылку к чернокожим людям. В итоге вместо золотой цепи появилось ожерелье из морских ракушек, чтобы подчеркнуть любовь Микеланджело к серфингу и скейтбордингу.
Это первый фильм о черепашках-ниндзя, выпущенный в 3D.
Персонаж Бернадетт Томпсон (босс Эйприл) основан на Бёрне Томпсоне, боссе Эйприл из оригинального сериала «Черепашки-мутанты ниндзя» (1987-1996).
Сценарист Кевин Истмэн, один из создателей черепашек-ниндзя, снялся в эпизодической роли доктора.
Авторы найденной Сплинтером книги об искусстве ниндзя, по которой он будет учиться сам и учить черепашек, Истмэн и Лэрд. Это отсылка к Кевину Истмэну и Питеру Лэрду — создателям «Черепашек-ниндзя».
Из всех актеров, которые озвучивали мультсериалы о черепашках-ниндзя в 1990-х, Робби Рист (Микеланджело) был единственным, кто обвинил Майкла Бэя в том, что он изнасиловал сагу о черепашках-ниндзя их инопланетным происхождением. Брайан Точи (озвучивал Леонардо), Кори Фельдман (Донателло) и Джудит Хоаг (Эйприл О`Нил) одобрили развитие сюжета в этом направлении. Позже Рист взял свои слова назад.
В оригинальном сценарии присутствовали мутанты-головорезы Бибоп и Рокстеди. Но в итоге было решено, что эти персонажи появятся в сиквеле.
